2012/01/10 の dcmodel ネットミーティングのメモ書き

参加者

  • 北大
    • 石渡 正樹, 杉山 耕一郎, 山下達也, 馬場 健聡, 荻原 弘尭, 川畑 拓也
  • 神戸大
    • 高橋 芳幸, 西澤 誠也, 納多 哲史, 井谷 優花, 黒田 美紀, 河合 佑太, 高橋 由実子
  • 九大
    • 中島 健介

次回日程

  • 日時
    • 2012/01/31(火) 14:00-16:00
  • 場所
    • 神戸大 : 自然科学 3 号館 508
    • 神戸大 : ポートアイランド 3 階サロン   
    • 北大 : 理学部 8 号館コスモスタジオ
    • 九大 : 理学部 3 号館 3605

arare の現状 (杉山)

  • 現在進行形の作業
    • バグフィックス
      • 計算がすぐ落ちる問題とエクスナー関数が減少していく問題
        • 当たりがついておらず難航中
    • arare4 と arare5 の計算結果の比較
    • ドキュメントとソースの整合性のチェック
      • ドキュメントに 3 次元コードに関する記述を追加している

進捗状況 (河合)

  • MPI (および OpenMP)による並列化が完了した
    • IGModel のベースライブラリを拡張した
    • ベースライブラリの上に乗っている数値モデルのコードにはあまり大きな変更はない.
      • 並列化のフラグやハロー領域のインデックス情報の取得に関するコードを追加したぐらい
    • 情報実験機(1 台, 4 core cpu)で, MPI 並列のテスト計算も行った
      • 計算速度はまだ求めていない(計算機環境として性能評価はできない)
  • 並列化の概要
    • ハイブリッド
    • IO 関係
      • MPI2 の仕様を採用
      • NetCDF4 の仕様を使っている
    • 並列領域の区切り方に依存して, ノード数を 10 か 40 か 160 .. に指定するような設計
      • NICAM と同じ並列領域の区分方式をおそらくとっている(?)
    • コメント
      • 並列数は自由に指定できる方がよいのではないか (西澤)
        • プログラムが複雑になりすぎるため, 固定にした (河合)
        • 最小値が 10 だと, 学内で計算する際に不便そう (西澤)
          • OpenMP のみの並列化も可能(河合)
      • NetCDF4 が mpich2 では正しく動作したが, OpenMPI では正しく動かない (河合)
        • NetCDF 付属のテストを走らせると OpenMPI では落ちる
          • NetCDF の開発者には 2, 3 年前から知られている問題(?).OpenMPI の開発者に要請を出しているが, 改善されていないようだ(?).
          • スパコンにはベンダーが実装した MPI がインストールされているため, バグがあってもサポートしてくれるだろう.
  • 現計算環境
    • 現段階では情報実験機 (4 core cpu の計算機数台(有線 LAN 接続)) を使用している
      • ハイパースレッディングに対応しており, 見た目上は 8 プロセス走らせる事が可能
  • 今後の予定
    • 性能評価
    • テスト計算の続き
      • 山岳波
      • 松野-Gill パターン
      • etc..
    • 宇宙研のスパコン利用
      • 3 月に申請する予定
        • 現段階では PC でも実行可能な計算量なので急がない

現状報告 (井谷)

  • モデルのチューニングと, 実際の地球気候との比較について
    • 文書化中
  • 自転軸傾斜を変えた実験
    • 計算は終了
    • 考察中