[dennou-ruby:003616] Re: GPhys::Grib_IO で grib データを読みたい

[Takeshi Horinouchi <horinout@xxxxxxxxxxxxxxxxx>]

堀之内です。

そしたらあとは GRIB2 対応ね。しかし，
http://ruby.gfd-dennou.org/products/rb-grib/
って，まだあまりよくない状態 (遅いし，GRIB1のほうも
変数名がかわってしまう) のままでしたっけ？ ＞ 西澤さま

＃ （もしも変わってなければ）今のところの個人的お勧めは，
   wgrib2 でデコードしてしまう，です。

> 内藤です。
> 
> 西澤くんもありがとうございます！
> 
> 先ほど、石岡さんが gphys のバージョンを 1.2.2 に上げてくださいました。
> おかげさまで T.jan.grib は問題なく読めるようになりました。
> 
> まだ JRA データは読めていません。
> ruby-gribapi を入れれば grib2 な JRA データも読めるようになるのかも。
> 
> #----------------------
> % dpkg -s gphys
> Package: gphys
> Status: install ok installed
> Priority: optional
> Section: ruby
> Installed-Size: 3364
> Maintainer: Youhei SASAKI <uwabami@xxxxxxxxxxxxxx>
> Architecture: amd64
> Version: 1.2.2-2
> Depends: libc6 (>= 2.2.5), libruby1.8 (>= 1.8.7.302) | libruby1.9.1 (>=
> 1.9.2.0), ruby | ruby-interpreter, ruby-narray, ruby-narray-miss,
> ruby-netcdf, ruby-dcl, ruby-numru-units, ruby-numru-met,
> ruby-numru-misc, ruby-fftw3, ruby-lapack, ruby-gsl | libgsl-ruby1.8,
> ruby-gsl | libgsl-ruby1.9.1, libdap-dev
> Recommends: ruby-gpv, ruby-nusdas, ruby-hdfeos5 | libhdfeos5-ruby1.8,
> ruby-hdfeos5 | libhdfeos5-ruby1.9.1
> Description: Multi-purpose class to handle Gridded Physical quantities
>  comprehensive library for self-descriptive gridded physical data
>  (in NetCDF, GrADS, or on memory) with graphics
> Homepage: http://ruby.gfd-dennou.org/products/gphys
> Ruby-Versions: ruby1.8 ruby1.9.1
> #----------------------
> 
> 内藤
> 
> (2013/01/18 17:45), Seiya Nishizawa wrote:
> > 西澤です
> > 
> > gphys に入っている grib パーサーは、
> > 元々 ruby で書いていましたが、
> > ある時から、 C の拡張ライブラリを利用するように変更しました。
> > (おそらく、1.1.0 から)
> > 
> > 以下、推測も混じっています。
> > 
> > 内藤さんのエラーは、その拡張ライブラリの中で、
> > ファイルから取った文字列の中に、null 文字が埋め込まれている場合に出るものだと思います。
> > ruby の1.8 のそれなりのバージョン以降を使っている場合は、
> > その拡張ライブラリの中で、 null 文字があってもエラーとならないものを使うようになっているので、
> > ruby のバージョンが古いとだめです。
> > 詳しくいうと、
> > StringValuePtr を使うと問題無いのですが、
> > それが無い場合は、STR2CSTR を使います。
> > これが問題を起こしているのだと想像します。
> > 
> > 西本さんがうまくいく原因は、
> > 拡張ライブラリを利用する前のバージョンだからでしょう。
> > 
> > 
> > ちなみに、JRA データのエラーは、
> > grib2 だからで、
> > grib2 を読むためには、ruby-gribapi が必要です。
> > 
> > 
> > 西澤誠也
> > 
> > 
> > 
> > 2013年1月18日 16:57 西本絵梨子 <eriko@xxxxxxxxxxxxxx>:
> >> 内藤さん
> >>
> >> Debian lenny なマシンとgphys-1.0.0-1という、とっても古い組み合わせで、
> >> チュートリアルのgribデータを読んでみると、成功しました。
> >> なので、バージョンが原因ではなさそうです。
> >>
> >> $ ruby -v
> >> ruby 1.8.7 (2008-08-11 patchlevel 72) [x86_64-linux]
> >> $ wget http://www.gfd-dennou.org/library/ruby/products/gphys/tutorial/T.jan.grib
> >> $ irb
> >> irb(main):001:0> require "numru/gphys"
> >> => true
> >> irb(main):002:0> NumRu::GPhys::Grib_IO.var_names("T.jan.grib")
> >> => ["TMP"]
> >>
> >> debianパッケージをインストールされているようなので、再インストール(aptitude reinstall)してみると
> >> 状況がかわったりしないでしょうか?
> >>
> >> 西本
> >>
> >> 2013/1/18 Yoko NAITO <naito@xxxxxxxxxxxxxxxxxx>:
> >>> 内藤です。
> >>>
> >>> 堀之内さん、ありがとうございます！
> >>>
> >>> ▼ GPhys のバージョン
> >>> こちらは 1.1.0-3 です。堀之内さんが試してくださったのが 1.2.2 。
> >>> 1.2.0 の時に GRIB2 のサポートが加わったようですが関係あるでしょうか？
> >>>
> >>> ▼ データファイル T.jan.grib
> >>> ダウンロードし直して diff を取ってみましたが違いがありませんし、
> >>> inspect_varnames.rb の結果も変わりませんね。。。
> >>> wget
> >>> http://www.gfd-dennou.org/library/ruby/products/gphys/tutorial/T.jan.grib
> >>> したのですが、付け忘れているオプションなどあるでしょうか？
> >>>
> >>> あと書き忘れましたが debian squeeze です。
> >>> 引き続き、みなさまのご助言をいただければ幸いです。
> >>>
> >>> 内藤
> >>>
> >>> (2013/01/18 13:09), Takeshi Horinouchi wrote:
> >>>> 堀之内です。
> >>>>
> >>>>> 旧チュートリアルから T.jan.grib と contour1000mb_grib.rb を
> >>>>> 取ってきて実行すると、下記のようなエラーが出ます。
> >>>>
> >>>> とりあえずこれについてのみ。
> >>>>
> >>>> 私のところでは正常に実行できます
> >>>> (内藤さんとおなじく ruby 1.8 で， GPhysは 1.2.2)。
> >>>> 使ってるGPhysのバージョンはなんでしょう？
> >>>> （あまりGPhysのバージョンに左右されそうに
> >>>> ないですが）。また，grib ファイルが壊れたりしてませんか。
> >>>>
> >>>>> 内藤＠京大です。
> >>>>>
> >>>>> GPhys で grib データを読もうとして、はまっています。
> >>>>> JRA-25 のデータを読みたいのですが、それ以前に、
> >>>>> 旧チュートリアルにある T.jan.grib がちゃんと読めません。
> >>>>> 初歩的な躓きかもしれませんが、アドバイスいただけないでしょうか。
> >>>>>
> >>>>> 旧チュートリアルから T.jan.grib と contour1000mb_grib.rb を
> >>>>> 取ってきて実行すると、下記のようなエラーが出ます。
> >>>>> inspect_varnames.rb でも同様です。
> >>>>>
> >>>>> #----------------------
> >>>>> /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grib.rb:377:in `to_uint1': string contains
> >>>>> null byte (ArgumentError)
> >>>>>           from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grib.rb:377:in `version'
> >>>>>           from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grib.rb:210:in `parse'
> >>>>>           from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grib.rb:1431:in `parse'
> >>>>>           from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grib.rb:1411:in `open'
> >>>>>           from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/gphys_grib_io.rb:80:in `open'
> >>>>>           from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/gphys_io.rb:121:in `open'
> >>>>>           from contour1000mb_grib.rb:3
> >>>>> #----------------------
> >>>>>
> >>>>> また、JRA-25 のデータファイル (たとえば anl_mdl.197901.gr) を
> >>>>> inspect_varnames.rb もどき
> >>>>> #----------------------
> >>>>> require "numru/ggraph"
> >>>>> p NumRu::GPhys::Grib_IO.var_names('anl_mdl.197901.gr')
> >>>>> p NumRu::GPhys::IO.var_names('anl_mdl.197901.gr')
> >>>>> #----------------------
> >>>>> で読もうとすると、別のエラーが出ます。
> >>>>>
> >>>>> #----------------------
> >>>>> This Grib version (201) has not supported yet
> >>>>> []
> >>>>> /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/gphys_io.rb:257:in `var_names': undefined
> >>>>> method `var_names' for nil:NilClass (NoMethodError)
> >>>>>           from inspect_varnames_JRA.rb:3
> >>>>> #----------------------
> >>>>>
> >>>>> それぞれ問題が違うような気もするのですが、いずれにしても
> >>>>> どうしたらよいかわからなくて困っています。
> >>>>> どなたかお知恵を貸してください。よろしくお願いします。
> >>>>>
> >>>>> ------------------------------------------------------------
> >>>>> 内藤 陽子 <naito@xxxxxxxxxxxxxxxxxx>
> >>>>
> >>>> 堀之内 武
> >>>> 北海道大学 地球環境科学研究院 地球圏科学部門
> >>>> 〒060-0810 札幌市北区北10条西5丁目
> >>>>
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堀之内 武
北海道大学 地球環境科学研究院 地球圏科学部門
〒060-0810 札幌市北区北10条西5丁目