[dennou-ruby:003610] Re: GPhys::Grib_IO で grib データを読みたい

[Yoko NAITO <naito@xxxxxxxxxxxxxxxxxx>]

内藤です。

西本さん、ありがとうございます！

▼ debian パッケージ再インストール？
研究室みんなの共用サーバであり、私は管理者権限を持っていないため
ちょいちょいといじるわけにはいかないのですが、
管理してくださっている石岡さんにも相談してみようと思います。

ちなみに
#----------------------
% dpkg -s gphys
Package: gphys
Status: install ok installed
Priority: optional
Section: ruby
Installed-Size: 3748
Maintainer: Youhei SASAKI <uwabami@xxxxxxxxxxxxxx>
Architecture: amd64
Version: 1.1.0-3
Replaces: gphys-remote (>= 0.2-1)
Depends: libc6 (>= 2.2.5), libruby1.8 (>= 1.8.7.302), ruby1.8,
libnarray-ruby1.8 (>= 0.5.7), libnarray-miss-ruby1.8 (>= 1.1.0),
libnumru-misc-ruby, netcdf-ruby1.8 (>= 0.6.2), libdcl-ruby1.8,
libnumru-units-ruby1.8, libnumru-met-ruby1.8, libfftw3-ruby1.8, libdap-dev
Recommends: libgpv-ruby1.8, libnusdas-ruby1.8, libhdfeos5-ruby1.8,
libgsl-ruby1.8
Conflicts: gphys-remote (>= 0.2-1)
Description: a multi-purpose class to handle Gridded Physical quantities
 comprehensive library for self-descriptive gridded physical data
 (in NetCDF, GrADS, or on memory) with graphics
Homepage: http://ruby.gfd-dennou.org/products/gphys
#----------------------
でした。五月雨式になってしまってすみません。

引き続き、みなさまのご助言をいただければ幸いです。

内藤

(2013/01/18 16:57), 西本絵梨子 wrote:
> 内藤さん
> 
> Debian lenny なマシンとgphys-1.0.0-1という、とっても古い組み合わせで、
> チュートリアルのgribデータを読んでみると、成功しました。
> なので、バージョンが原因ではなさそうです。
> 
> $ ruby -v
> ruby 1.8.7 (2008-08-11 patchlevel 72) [x86_64-linux]
> $ wget http://www.gfd-dennou.org/library/ruby/products/gphys/tutorial/T.jan.grib
> $ irb
> irb(main):001:0> require "numru/gphys"
> => true
> irb(main):002:0> NumRu::GPhys::Grib_IO.var_names("T.jan.grib")
> => ["TMP"]
> 
> debianパッケージをインストールされているようなので、再インストール(aptitude reinstall)してみると
> 状況がかわったりしないでしょうか?
> 
> 西本
> 
> 2013/1/18 Yoko NAITO <naito@xxxxxxxxxxxxxxxxxx>:
>> 内藤です。
>>
>> 堀之内さん、ありがとうございます！
>>
>> ▼ GPhys のバージョン
>> こちらは 1.1.0-3 です。堀之内さんが試してくださったのが 1.2.2 。
>> 1.2.0 の時に GRIB2 のサポートが加わったようですが関係あるでしょうか？
>>
>> ▼ データファイル T.jan.grib
>> ダウンロードし直して diff を取ってみましたが違いがありませんし、
>> inspect_varnames.rb の結果も変わりませんね。。。
>> wget
>> http://www.gfd-dennou.org/library/ruby/products/gphys/tutorial/T.jan.grib
>> したのですが、付け忘れているオプションなどあるでしょうか？
>>
>> あと書き忘れましたが debian squeeze です。
>> 引き続き、みなさまのご助言をいただければ幸いです。
>>
>> 内藤
>>
>> (2013/01/18 13:09), Takeshi Horinouchi wrote:
>>> 堀之内です。
>>>
>>>> 旧チュートリアルから T.jan.grib と contour1000mb_grib.rb を
>>>> 取ってきて実行すると、下記のようなエラーが出ます。
>>>
>>> とりあえずこれについてのみ。
>>>
>>> 私のところでは正常に実行できます
>>> (内藤さんとおなじく ruby 1.8 で， GPhysは 1.2.2)。
>>> 使ってるGPhysのバージョンはなんでしょう？
>>> （あまりGPhysのバージョンに左右されそうに
>>> ないですが）。また，grib ファイルが壊れたりしてませんか。
>>>
>>>> 内藤＠京大です。
>>>>
>>>> GPhys で grib データを読もうとして、はまっています。
>>>> JRA-25 のデータを読みたいのですが、それ以前に、
>>>> 旧チュートリアルにある T.jan.grib がちゃんと読めません。
>>>> 初歩的な躓きかもしれませんが、アドバイスいただけないでしょうか。
>>>>
>>>> 旧チュートリアルから T.jan.grib と contour1000mb_grib.rb を
>>>> 取ってきて実行すると、下記のようなエラーが出ます。
>>>> inspect_varnames.rb でも同様です。
>>>>
>>>> #----------------------
>>>> /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grib.rb:377:in `to_uint1': string contains
>>>> null byte (ArgumentError)
>>>>           from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grib.rb:377:in `version'
>>>>           from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grib.rb:210:in `parse'
>>>>           from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grib.rb:1431:in `parse'
>>>>           from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/grib.rb:1411:in `open'
>>>>           from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/gphys_grib_io.rb:80:in `open'
>>>>           from /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/gphys_io.rb:121:in `open'
>>>>           from contour1000mb_grib.rb:3
>>>> #----------------------
>>>>
>>>> また、JRA-25 のデータファイル (たとえば anl_mdl.197901.gr) を
>>>> inspect_varnames.rb もどき
>>>> #----------------------
>>>> require "numru/ggraph"
>>>> p NumRu::GPhys::Grib_IO.var_names('anl_mdl.197901.gr')
>>>> p NumRu::GPhys::IO.var_names('anl_mdl.197901.gr')
>>>> #----------------------
>>>> で読もうとすると、別のエラーが出ます。
>>>>
>>>> #----------------------
>>>> This Grib version (201) has not supported yet
>>>> []
>>>> /usr/lib/ruby/1.8/numru/gphys/gphys_io.rb:257:in `var_names': undefined
>>>> method `var_names' for nil:NilClass (NoMethodError)
>>>>           from inspect_varnames_JRA.rb:3
>>>> #----------------------
>>>>
>>>> それぞれ問題が違うような気もするのですが、いずれにしても
>>>> どうしたらよいかわからなくて困っています。
>>>> どなたかお知恵を貸してください。よろしくお願いします。
>>>>
>>>> ------------------------------------------------------------
>>>> 内藤 陽子 <naito@xxxxxxxxxxxxxxxxxx>
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>>> 堀之内 武
>>> 北海道大学 地球環境科学研究院 地球圏科学部門
>>> 〒060-0810 札幌市北区北10条西5丁目
>>>
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